Aujourd'hui, le pénitencier d'Eastern State se présente comme un complexe certes abîmé mais préservé, qui fait l'objet de plusieurs projets de restauration dûment choisis. Cette approche de conservation historique est régulièrement saluée pour son caractère innovant et ambitieux mais elle s'est révélée extrêmement coûteuse dans la mesure où il fallait rouvrir au public un site abandonné sans chercher à en tirer de quelconques bénéfices.
Malgré cette impression qu'une prison en pierre aussi imposante est indestructible, il s'avère que les forces de la nature n'ont pas épargné Eastern State, au point de la réduire à l'état de ruine. Alors que le site n'était plus occupé, des vandales y ont saccagé plus de 1100 puits de lumière, aggravant le délabrement de l'ensemble du fait de toits qui fuyaient, de gouttières bouchées, de tuyaux en mauvais état et d'une végétation envahissante. En 1998, un rapport sur l'état des bâtiments avait conclu à leur insalubrité.
Dix ans plus tôt, quand la ville était revenue sur son projet de vendre les lieux, suivant en cela le Comité de pilotage du pénitencier, elle avait alors indiqué sa préférence pour un temps de réflexion plus long qui lui permettrait d'étudier le meilleur usage possible du site.1 La municipalité avait également donné son accord pour que soient prises les premières mesures de conservation du bâti, de même qu'elle avait accordé à la Société de la prison de Pennsylvanie de mettre sur pied un programme test de visites. C'est donc un double effort qui se concrétisait là : préserver le site et l'ouvrir au public.
Alors que cette démarche était déjà en cours, le Fonds mondial des monuments inclut Eastern State à deux reprises dans sa « Liste des endroits les plus menacés » (en 1996, puis encore en 2000), soulignant la difficulté à ses yeux de vouloir protéger le site tout en permettant au public d'y accéder. Il est à noter que seul six autres lieux situés aux États-Unis étaient mentionnés dans la liste publiée en 2000.
La stabilisation du site fut prise en main quand la municipalité le débarrassa de toute végétation en 1993. Des visites saisonnières furent organisées dès 1994 mis les visiteurs devaient porter des casques de chantier et un certain nombre de panneaux indiquaient les endroits dangereux à éviter. Entre 1995 et 1997, la municipalité participa également à la reconstruction de trois toitures, en commençant par les premiers bâtiments conçus par Haviland – le bâtiment de l'administration, le bloc 1 et le passage 1 qui le reliait à l'observatoire, que l'on appelle désormais le Centre.
1 Le processus fut subventionné par le Pew Charitable Trust, la Getty Foundation et le Commonwealth of Pennsylvania’s Museum Project Grant.