C'est à partir de 1871 que va vraiment s'opérer un grand changement dans la vie de la jeune colonie. Après la défaite de Sedan, Paris refuse d'abdiquer et de se soumettre. Pas question de cautionner l'armistice de Thiers. C'est l'insurrection ! Le conseil général de la Commune défend la capitale, encerclée par la garde nationale, représentante d'un pouvoir qui a battu en retraite à Versailles. Finalement, le 21 mars, les Versaillais commandés par le général Mac-Mahon entrent dans Paris. Ainsi commence la « semaine sanglante », porteuse de massacres civils et d'arrestations massives. A partir de mai 1871, 23 conseils de guerre jugent à la hâte, les coupables de cette insurrection. Le résultat de ce déchaînement de haine sera la condamnation de près de 25 000 insurgés, dont plus de la moitié à la déportation vers les colonies pénitentiaires d'outre-mer. A Nouméa, c'est l'affolement : où et comment va-t-on loger ces nouveaux arrivants ? Une partie, les « criminels », va rejoindre l'île Nou. Pour les autres, la loi du 23 mars 1872 répartit le domaine. L'île des Pins absorbe la plus grande partie, les déportés simples. Ceux qui ont été condamnés à la déportation en enceinte fortifiée, sont dirigés vers la presqu'île de Ducos. Le 3 mai 1872, la Danaë quitte la rade de l'île d'Aix avec à son bord les 250 premiers communards. 19 autres convois se succèdent sur une période de 6 ans apportant sur le territoire pénitentiaire 3 827 déportés, répartis pour 879 en enceinte fortifiée et 2 948 en déportation simple.

Les déportés ne sont pas soumis au travail forcé. Certains parmi les intellectuels ou les artisans, trouvent un travail dans les entreprises ou commerces de Nouméa, les autres, équipés d'un lot d'outils de base, se voient attribuer des lopins de terre à défricher et à cultiver. Un accord tacite semble être établi entre l'administration pénitentiaire et les déportés jusqu'à ce qu'une évasion particulièrement remarquée ne vienne tout remettre en cause. Le 22 mars 1874, Henri Rochefort et cinq autres camarades s'évadent de Ducos en embarquant sur une goélette australienne qu'ils ont rejointe à bord d'un canot. Franc-maçon, Rochefort a convaincu le commandant du navire, franc-maçon lui-même, de les prendre à bord et de les emmener jusqu'aux côtes de Newcastle en Galles du Sud. Lorsque leur disparition est remarquée, l'affaire fait grand bruit. Pendant ce temps en France de nombreuses campagnes d'opinion œuvrent en vue de l'amnistie des communards. Républicains et radicaux s'opposent sur le sujet à l'Assemblée nationale pendant plusieurs années. La droite de Mac-Mahon résiste, mais la victoire de la gauche au Sénat en 1879, va accélérer les choses et finalement, l'amnistie plénière de tous les déportés est décidée le 12 juillet 1880. Il ne restait plus qu'à les rapatrier...

Journaliste et homme politique, Henri de Rochefort (1831-1913) s’engage, à l’image de Victor Hugo, dans le combat contre l’Empire de Napoléon III. Ses engagements, ses choix politiques et ses écrits polémistes le mèneront à maintes reprises au cours de sa vie à l’exil ou en prison. Condamné à la déportation suite à ses implications sous la Commune, ilest interné au Fort Boyard, puis à la citadelle de Saint-Martin-de-Ré, pendant un an. Sa notoriété lui vaut un régime de faveur, une chambre individuelle, où il écrit son roman Les Naufrageurs. Il quitte la France pour la Nouvelle-Calédonie durant l’été 1873. De retour en France, la carrière politique de Rochefort est houleuse, marquée par de nombreux points noirs. Il apporte notamment son soutien au Général Boulanger et se révèle antisémite lors de l’affaire Dreyfus. Son engagement maçonnique fut bref, puisqu’il fut initié le 17 novembre 1870 à la loge Les Amis de la Patrie à l’Orient de Paris, mais semble prendre ses distances avec l’ordre à son retour d’exil du bagne.

Enseignante et militante anarchiste, Louise Michel (1830-1905) est condamnée pour sa participation à la Commune. Déportée en Nouvelle-Calédonie en 1873, elle y crée le journal Petites Affiches de la Nouvelle-Calédonie et édite Légendes et chansons de gestes canaques. Elle cherche à instruire les autochtones kanaks et, contrairement à certains communards qui s’associent à leur répression, prend leur défense lors de leur révolte en 1878. En 1879, elle est autorisée à s’installer à Nouméa et à reprendre son métier d’enseignante, d’abord auprès des enfants de déportés, puis dans les écoles de filles. Elle revient en France en 1880 après 7 ans de déportation.

Pour en savoir plus, voir l'article de D. Donet-Vincent, Louise Michel, de la déportation à l'aventure

Alors que s'écrivait dans le sang l'histoire de la Commune, en Algérie aussi se jouait un drame qui allait avoir des conséquences importantes sur l'histoire de la Nouvelle-Calédonie. Au cours de l'année 1870, la dépossession des terres ancestrales et le manque de respect pour les coutumes locales provoquent une réaction dans les tribus de Grande Kabylie. Ce sentiment d'injustice est renforcé par la promulgation du décret Crémieux accordant la nationalité française aux seuls juifs algériens. Ce faisant, les chefs des grandes familles s'unissent contre l’occupant et le 23 janvier 1871 éclate la grande insurrection kabyle. La réponse de la France est particulièrement sévère et répressive. Des dizaines de milliers d'hommes, en colonnes équipées d'artillerie, s'opposent aux mutins. Les combats sont farouches, des villages sont rasés ou incendiés. En janvier 1872, l'arrestation de El Mokrani met fin à l'insurrection.

Considérés comme révoltés politiques, les principaux instigateurs de l'insurrection sont condamnés à la déportation. Ils seront 121 condamnés politiques à être déportés vers l'île des Pins et Ducos. Mais en tout, ce sont plus de 2 000 « Arabes » (1 822 transportés et 163 relégués) qui arriveront en Nouvelle-Calédonie, Caledoun en arabe. Pour ces derniers, c'est le délit ou le crime qui a été pris en compte et non sa motivation, les excluant ainsi de la classification de « politique ». Leur activité principale est pastorale et agricole. Ils sont rapidement à la tête de troupeaux de chèvres dont ils tirent lait et fromages revendus sur les différents marchés. Bien peu rentreront en Algérie, moins d'une vingtaine au total, et encore ce sera pour y subir la dure loi de la liberté surveillée et la limitation de leur rôle d'autorité traditionnelle. Les autres resteront et finiront colons « libres ». Leurs descendants, principalement installés à Bourail, commune agricole où est implanté le cimetière musulman de Nessadiou, sont parfaitement intégrés depuis plusieurs générations, mais au fond d'eux-mêmes, ils n'ont rien oublié de leurs traditions.

Spoliés de leurs terres, irrités par le saccage ou le mépris de leurs lieux sacrés, les Kanaks vont finir par se révolter contre « l'homme blanc ». Ce sera le 25 juin 1878. Ce jour-là, une attaque soudaine des colons de la région de Téremba et de Boulouparis par des membres de plusieurs tribus, unifiées sous l'autorité du grand chef Ataï, fait une dizaine de morts et de nombreux blessés. C'est le début de la grande insurrection kanak. Des gendarmes sont massacrés, les maisons des Européens incendiées, les troupeaux abattus. Les colons découvrent la violence et l'insécurité. La peur gagne Nouméa où les récits des attaques d’indigènes armés de casse-têtes, ravivent les mythes ancestraux du « méchant sauvage » ... L'instant de stupeur passé, la répression est féroce. Les troupes de marine, appuyées par les indigènes non ralliés à la cause kanak et des arabes « transportés », pourchassent les rebelles. De leurs côtés, des déportés de la Commune, les anarchistes dont Louise Michel, prennent position pour les insurgés, leur prodiguant conseils et encouragements. Le 1^er septembre 1878, le chef Ataï périt dans une embuscade et la fragile unité entre les tribus du nord et du sud se désagrège rapidement. Sa tête coupée est exhibée comme un trophée ; la rébellion faiblit. Progressivement toutes les régions sont pacifiées et l'issue définitive du conflit est scellée à la chute de la forteresse kanak d'Adio, en décembre 1878. Les chiffres sont terribles : plus de 1 000 morts chez les insurgés et près de 200 chez les colons. Désormais les choses ne seront plus jamais pareilles entre les populations de la grande île.