La répression politique est associée à celle de tribunaux d’exception, à la procédure expéditive, jugeant un adversaire, souvent un vaincu, sans aucune garantie. Cette image ne vaut pas pour la Haute Cour devant laquelle sont traduits les ministres et les personnes appartenant à l’entourage du chef de l'État ayant commis des crimes. Ayant les mêmes règles de procédure que les juridictions de droit commun, sa saisine relevant du Parlement, elle a jugé également - notamment sous la monarchie censitaire - les adversaires du régime en place quand ce dernier n'était pas réellement menacé. Par contre, dans les situations de troubles difficiles à maîtriser, quand le pouvoir doit faire face à des adversaires utilisant la violence armée (attentats, complots, insurrection), les juridictions d’exception fleurissent.

Des Commissions extraordinaires de l’Ancien régime à la Cour de sûreté de l'État, la liste est longue de ces tribunaux qui dérogent au droit commun par leur composition (avec toujours la suppression du jury et la présence de magistrats non professionnels, notamment des militaires), leur compétence spécifique et leur procédure expéditive visant à contenir par la peur les opposants au pouvoir en place. Dès l’Empire, des tribunaux criminels spéciaux, sans jury et comprenant des militaires ont été institués pour réprimer le brigandage estimée en relation avec certains opposants. Les Cours prévôtales de la Restauration ont procédé de même avec des objectifs voisins. Au lendemain du coup d'État du 2 décembre 1851, devant la forte résistance des républicains, Louis-Napoléon Bonaparte crée les Commissions mixtes (document commenté) qui vont juger près de 27 000 personnes en prononçant des peines non inscrites dans le Code pénal, en déportant plusieurs milliers en Algérie. La transportation politique avait été utilisée quelques années auparavant, après l'écrasement par l’armée de la révolte ouvrière de juin 1848 et elle sera reprise pour les Communards déportés en Nouvelle-Calédonie. Mais, dans les deux cas, la répression judiciaire a été assurée par les Conseils de guerre dont la compétence est légale. La Troisième République, libérale, ne fait pas appel aux tribunaux d’exception, le recours à ces derniers étant privilégié par les régimes autoritaires. C’est le cas de l'État français du maréchal Pétain qui va multiplier les juridictions spéciales, de la Cour suprême de justice (juillet 1940) aux Cours martiales de 1944 en passant par les Sections spéciales et le tribunal d'État (document complémentaire) constitués en 1941. La liste se continue à la Libération - pour juger les collaborateurs du régime de Vichy - et pendant la guerre d’Algérie. Pour la période plus récente, des Cours d’assises spéciales, sans jury, connaissent des faits de nature terroriste.

L'étude de ces tribunaux particuliers est facilitée par l’abondante documentation qu’ils laissent généralement à l’historien, sauf quand leur procédure est réduite au constat des faits supposés (Cours martiales de Vichy par exemple). Hormis les textes les instituant - parfois un décret ou une simple circulaire -, le plus souvent sans débat vu l’urgence, les controverses ultérieures sur leur légalité et leur nature, ces juridictions ont un contentieux politique qui justifie la conservation intégrale de leurs archives, d’autant plus que le vent de l’histoire tournant rapidement, les victimes bénéficient de mesures de clémence (grâces, amnisties) et souvent de réparation (révision des procès, indemnisation). Cette documentation est, de ce fait, le plus souvent conservée aux Archives nationales, à l’exception des fonds des tribunaux spéciaux de l’Empire et des Cours prévôtales de la Restauration.