En temps de conflit, comme en temps de paix, les combattants incarnent la capacité de la puissance qu’ils servent à faire usage de la violence. Leur fonction, essentielle pour défendre les intérêts des États, a pu motiver les pouvoirs judiciaires à faire preuve de clémence à leur égard. Malgré tout, rendre la justice et contrôler les exactions des militaires est devenu paradoxalement une aspiration centrale des États, qui ont cherché à réguler les exactions des combattants pour mettre en scène leur souveraineté.

La guerre provoque souvent des débats moraux quant à ses pratiques pouvant être perçues comme étant excessives. Les tactiques mises en œuvre par les armées n’hésitent alors pas à laisser libre cours aux exactions, si elles servent les impératifs stratégiques du moment.

C'est le cas de la tactique de la terre brûlée. Elle consiste à détruire les ressources, les moyens de productions et les infrastructures de l'adversaire dans le but de rendre impossible la reconstitution ou le maintien de ses forces. Cette pratique est utilisée de façon défensive par François I^er lorsque Charles Quint envahit la Provence en 1536. Il ordonne la destruction des champs et l’empoisonnement des réserves d’eau de ses propres territoires pour empêcher le ravitaillement de l'ennemi. Les bénéfices militaires de cette pratique sont clairs, mais elle entraîne aussi des conséquences importantes sur les populations locales qui risquent par exemple, la famine et le déplacement forcé. La terre brûlée est donc une tactique meurtrière qui impacte les civils et nous fait réfléchir sur la moralité des pratiques militaires.

La perception de la moralité des pratiques guerrières varie selon les périodes, mais les excès de violence restent dénoncés, sans que cela n’implique une remise en cause de la violence elle-même. Vers 1309, des marins castillans lancent un raid maritime sur Saintonge (duché de Guyenne, actuelle Aquitaine). Ils s’attaquent spécifiquement à la maison du bailli Guillaume Arnaud de Campaniha, tuant son neveu et s’emparant d’un butin important. Cet acte de prédation est évalué comme étant d’une violence excessive dans le cadre d’un conflit plus large, où Castillans et sujets du roi d’Angleterre s’affrontent par le biais de représailles successives, motivés en partie par un certain appât du gain.

Un combattant seul peut aussi commettre des exactions tant en contexte d’occupation que dans la vie quotidienne de la garnison. Les combattants du Premier Empire offrent de nombreux exemples d’individus endossant seuls la responsabilité de crimes variés.. Toutefois, le vol est de loin l’infraction majoritaire sous le Premier Empire, en atteste l’affaire du fantassin Philippe Wilmet coupable d’un cambriolage dans la maison d’un habitant. La même année, le cavalier André Bouchard vole ses camarades. Dans d’autres cas, un combattant peut violenter un autre : le cavalier Guillaume Cambusat attaque ainsi le concierge de la prison militaire de Paris en 1811.

Malgré les prétentions récurrentes des pouvoirs souverains d’avoir la capacité de garantir l’ordre public et le bien fondé des actes violents entrepris en période de conflit, on observe régulièrement des ambivalences de la part des systèmes judiciaires et pénitentiaires censés réguler les agissements des combattants.

Manifestation la plus visible de la puissance souveraine, les bagnes portuaires sont implantés au cœur du quartier militaire de certaines villes, constituant, en partie, la fonction pénitentiaire de ces quartiers. Certains sont créés sous l’Ancien Régime, tel que celui implanté dans l’arsenal de Toulon, et d’autres après 1789, comme celui établi dans la citadelle d’Anvers. Ces bâtiments, accueillent les combattants condamnés aux travaux forcés, peine la plus lourde après la peine de mort, et les forcent à travailler, enchaînés, au bénéfice de la puissance souveraine.

Sous le Premier Empire, l’accent de la sanction est porté sur les vols, tout en adaptant la peine au crime : Philippe Wilmet est condamné à 24 ans de travaux forcés pour son cambriolage et entre au bagne d’Anvers, tandis qu’André Bouchard est condamné à 2 ans de travaux forcés et purge sa peine au bagne de Toulon. En revanche, les violences envers les personnes ne sont pas considérées aussi graves à l’époque : Guillaume Cambusat est ainsi condamné à 2 ans de travaux forcés et se retrouve au bagne anversois. Ainsi, la justice militaire réprime selon les priorités de la puissance souveraine.

Parfois, la justice aspire à garantir l’équilibre entre les différentes parties. Cette manière de procéder lors de la résolution du conflit entre les Castillans et les Guyennais en octobre 1311 ne semble pourtant pas satisfaire le bailli lésé précédemment. En effet, les représentants désignés de part et d’autre pour s’accorder et rendre la justice ont cherché à indemniser les victimes des nombreuses exactions ayant lieu depuis 1306 de part et d’autre du golfe de Gascogne, sans que les sanctions adressées aux prédateurs ne soient jugées trop sévères par leurs compatriotes. Paradoxalement, cette solution ne permet pas de mettre fin aux pratiques prédatrices, qui continuent même après le traité de paix. En réaction, en 1317, le roi d’Angleterre finit par autoriser le bailli Guillaume Arnaud de Campaniha à entreprendre des représailles contre les Castillans jusqu’à ce qu’il soit indemnisé pour sa perte initiale.