En une demi-heure, les condamnés atteignent la citadelle. Une fois passées l’entrée et sa lourde porte, ils accèdent à une seconde grille intérieure par un chemin de ronde. Cette dernière franchie, ils se retrouvent dans une cour cernée de hautes murailles.

Là, ils sont déchaînés et les transportés sont séparés des relégués. L’ordre leur est donné ensuite de se déshabiller intégralement afin de subir une inspection pour vérifier qu’ils n’importent aucun objet ou substance prohibés au dépôt.

Ils doivent ensuite restituer l'uniforme qui leur a été distribué à la prison de La Rochelle et se voient remettre en échange un uniforme de bure et de nouveaux sabots galoches.

Tous prennent ensuite place dans un des 30 dortoirs collectifs (d’une contenance totale de 496 places) où chacun reçoit une paillasse, un drap et une couverture. Les forçats dorment les uns contre les autres sur des bat-flancs. Au centre de ce dortoir se situe un baquet destiné à leurs besoins naturels et il n’y a aucun chauffage. Une lampe brûle toute la nuit, et une grille ainsi que plusieurs judas permettent aux surveillants d’observer, depuis le couloir de ronde, les forçats durant la nuit qui débute à 19 heures au dépôt. Les forçats sont appelés par leur matricule et ce numéro est directement peint sur le bras gauche de leur vareuse afin de pouvoir toujours rester en évidence.

Les 650 à 700 forçats doivent ainsi patienter environ trois semaines avant leur embarquement pour la Guyane. Néanmoins, les transportés, arrivés avant les relégués, peuvent rester plusieurs mois au dépôt tandis que les relégués n’y restent en moyenne que deux à quatre semaines.

D’après le transporté Eugène Dieudonné, l’arrivée des relégués au dépôt signale ainsi aux transportés l’imminence d’un départ : « Le départ pour la Guyane est attendu avec impatience par les forçats. La Guyane, c’est l’évasion possible. On ne vit que pour cela. Aussi, quand les relégués arrivent à Saint-Martin pour le départ, la joie est générale. » (Eugène Dieudonné, « Premières étapes sur la route du bagne », Détective, 24 octobre 1929, n°52, p. 10-11)

Les surveillants sont en sous-effectif constant. Par exemple, prévus pour être 30, ils ne sont que 24 en 1936. Néanmoins, ce manque est compensé par la présence d’une importante garnison de militaires installés dans la caserne de Toiras, issus de près de 150 formations et régiments divers de l’armée française. À partir de 1928, elle est exclusivement constituée de la section du 14^e régiment de tirailleurs sénégalais de Mont-de-Marsan puis, à partir de 1929, de la section du 12^e régiment de tirailleurs sénégalais de La Rochelle. L’établissement des tirailleurs à l'intérieur du dépôt permet de maintenir une force armée conséquente en cas de révolte ou d’évasion et permet essentiellement d’assurer le transfert des forçats vers le navire chargé de les acheminer jusqu’au bagne.

De même, les relégués peuvent écrire une lettre chaque dimanche alors que les transportés ne peuvent en écrire qu’une seule par mois. Ces lettres sont visées par l’administration pénitentiaire, elles sont à entête et ne doivent pas excéder quatre pages réglementaires de quinze lignes chacune. Relégués comme transportés peuvent recevoir la visite de leurs parents les jeudis et les dimanches. Limitées à vingt minutes, ces visites s’effectuent au parloir et sous la surveillance d’un gardien. Le dimanche est consacré au repos et le réfectoire se transforme alors en chapelle pour l’office.

Deux fois par mois, les forçats bénéficient de douches. Quatre relégués sont chargés de treuiller l’eau depuis la nappe phréatique jusqu’à un réservoir et quatre autres pompent l’eau du réservoir afin d’approvisionner les chaudières. Par groupe, ils passent sous la douche puis se rhabillent en plein air sous les ordres des surveillants qui imposent la cadence : « Savonnez-vous. Rincez-vous. Faites venir les suivants !... » (Henri Danjou, « La route de l’expiation », Détective, 5 septembre 1935, n°358, p. 9) Le reste du temps, les forçats utilisent par groupe de 50 un des douze robinets mis à leur disposition et ont droit à un passage de cinq minutes chacun.

Le régime alimentaire est constitué quotidiennement de 130 grammes de pain de soupe et de 700 grammes de légumes. La viande est accordée les jeudis, dimanches et jours fériés. Le repas peut être éventuellement amélioré par le recours à la cantine si le forçat en a les moyens. Ces repas peuvent être accompagnés de lecture. Un forçat prend alors place dans le réfectoire et lit à haute voix pendant que ses coreligionnaires mangent en silence. Car le dépôt est pourvu d’une bibliothèque et les forçats peuvent y emprunter des ouvrages. L’eau consommée au dépôt est issue de citernes destinées à récupérer les eaux de pluie. Cette eau est javellisée avant d’être pompée et distribuée.

En matière de discipline, toutes les punitions sont décidées par une commission disciplinaire qui se réunit une fois par semaine au dépôt. Les forçats peuvent être punis d’interdiction de suppléments de nourriture à la cantine (maximum un mois), de privation d’une partie de leur salaire n’excédant pas le tiers du produit total de leur travail (maximum un mois), de prison de nuit (maximum un mois), de cellule (maximum un mois), et de cachot (maximum quinze jours). Ceux punis de cellule sont mis au pain sec un jour sur trois et ceux punis de cachot sont mis au pain sec deux jours sur trois. Les barres de justice, supprimées en 1907, sont toutefois utilisées à nouveau à partir de 1909 sur la demande pressante du directeur du dépôt et de la commission de surveillance. Une cellule est composée de deux lits de camp de 2,5 mètres sur 90 cm sur lesquels sont rivés une chaîne et son maillon destinés à maintenir le forçat attaché. Sous la conduite d’un surveillant, les punis ont droit à une heure de promenade sous préau le matin et à une heure de promenade le soir. Le reste de la journée, ils la passent isolés en cellule où ils sont astreints à un travail déterminé. L’essentiel des infractions des détenus provient du non-respect de la règle de silence absolu à l’intérieur du dépôt.

Les rares révoltes qui se produisent au dépôt proviennent des périodes où les convois pour le bagne sont suspendus. Par exemple, pendant la Première Guerre mondiale, un dernier convoi est organisé en avril 1915 et les forçats doivent ensuite patienter au dépôt ou dans des établissements pénitentiaires le temps qu’ils puissent être à nouveau envoyés vers la Guyane. Mais à la fin de la guerre, les convois ne peuvent pas reprendre car le navire chargé du transport des forçats, le Loire, a été torpillé. Il ne sera remplacé qu’en 1921, permettant enfin la reprise des convois et le désengorgement du dépôt alors en sureffectif. Cette situation entraîne des mouvements de révolte (qui se traduisent essentiellement par des refus de travail et des grèves de la faim) de la part des forçats car, pour beaucoup d’entre eux, la Guyane est espérée comme la promesse d’une vie au grand air, sous un climat équatorial et comme une échappatoire aux terribles conditions d’incarcération offertes par les prisons métropolitaines ou le dépôt. Ils considèrent en outre leur maintien à Saint-Martin-de-Ré comme une injustice car leurs condamnations à la transportation ou à la relégation doivent obligatoirement s’effectuer au bagne de Guyane. Des mouvements de révolte se poursuivent néanmoins toujours après 1921, notamment en 1929 où les forçats refusent de travailler et demeurent dans la cour du dépôt. Ils protestent ainsi car aucun convoi en direction du bagne n’a été organisé depuis près d’un an.

Une dernière révolte éclate au dépôt de Saint-Martin-de-Ré en 1938. Elle est organisée par des relégués car ceux-ci apprennent qu’à l’inverse des transportés, ils vont continuer à être envoyés au bagne. En effet, un décret-loi en date du 29 juin 1938 a aboli la transportation en Guyane et les transportés doivent donc désormais purger leur peine de travaux forcés dans des établissements pénitentiaires métropolitains. Mais ce décret-loi ne s’applique pas à la relégation et les relégués doivent donc continuer à purger leur peine au bagne. Beaucoup d’entre eux vivent cette situation comme une injustice et une bagarre générale éclate au dépôt la veille d’un départ de convoi pour la Guyane, le 21 novembre 1938. Lorsque le calme revient, un forçat a reçu quinze coups de couteau, un autre a eu l'œil arraché et un dernier a eu l'oreille sectionnée. Le convoi est organisé le lendemain et tous embarquent pour le bagne. Il s’agit toutefois du dernier convoi de forçats car plus aucun ne sera organisé par la suite.

Ces travaux obligatoires et quotidiens profitent directement à des entrepreneurs généraux avec qui l’administration pénitentiaire a passé un accord. Mais les forçats peuvent également travailler pour le compte de l’administration pénitentiaire elle-même. Car la citadelle produit son pain et sa propre électricité. Néanmoins, très peu de forçats peuvent travailler et améliorer, avec le salaire perçu, leur ordinaire en recourant à la cantine. La plupart des chômeurs passent ainsi leur journée dans le réfectoire. Par exemple, en 1936, sur 208 forçats présents au dépôt, 126 sont chômeurs, 19 travaillent à l’atelier d’émouchettes, 21 sont employés au service général de l’établissement, 25 sont au quartier disciplinaire et 17 sont à l’infirmerie.

Situé à proximité de la citadelle, le cimetière des forçats offre un triste panorama : une succession de mottes de terre surmontées de simples croix de bois sur lesquelles figure le numéro de matricule du condamné. La procession est très simple. Une fois mort, le forçat est placé dans un cercueil construit par les condamnés du dépôt. Un prêtre accompagne la dépouille jusqu’à sa dernière demeure et un surveillant clôt le cortège. Tous les dix ans, les tombes sont vidées afin de permettre l’inhumation de nouveaux condamnés et les os sont alors concentrés dans une fosse commune.

Puis ils passent chacun devant une commission médicale formée de deux médecins coloniaux et de trois médecins civils.

Vaccinés contre la typhoïde et la variole, ils sont ensuite jugés aptes ou non pour le voyage.

Les condamnés ne sont pas avertis du jour de leur départ. Mais tous sentent son imminence car la veille de l'embarquement pour le bagne, les visites sont interdites et les punitions suspendues.