Les collections thématiques du Musée rassemblent des documents numérisés dont les originaux sont conservés dans différents services, institutions publiques (Archives nationales, Archives départementales, musées, bibliothèques…) ou collections privées (chercheurs, collectionneurs…).

Elles proposent des manuscrits, des imprimés, des sources sonores ou des vidéos, majoritairement en français, mais aussi des documents rares en latin, anglais, espagnol, italien, allemand, néerlandais, portugais, russe, esperanto…

Ces documents sont reliés autant que possible aux autres ressources proposées par le Musée (expositions et visites) ou la Revue en ligne de Criminocorpus.