Le 27 mai 1885 est votée la loi sur la relégation des récidivistes. Cette mesure entraîne l'internement à perpétuité de condamnés récidivistes sur le sol d'une colonie. Plus de 17 000 récidivistes, condamnés essentiellement pour des délits de vol simple et de vagabondage, vont être envoyés en Guyane de 1887 à 1938. Le décret d'application de cette loi organise son régime en deux volets. Les relégués qui bénéficient de moyens financiers pour se prendre en charge sur place et qui ont de bons antécédents en détention bénéficient du régime de la relégation individuelle. Ils sont libres de contracter des engagements de travail ou peuvent bénéficier d'une concession à la condition de ne pas quitter la colonie. Tous les autres, c'est-à-dire l'immense majorité d'entre eux, sont placés au régime de la relégation collective. Puisque l’État doit subvenir à leur entretien, ils doivent en contrepartie travailler pour son compte. Ils sont donc internés au sein d'un dépôt, encadrés par des agents de l'administration pénitentiaire et astreints à des travaux forcés. L'objectif de ce régime est de leur permettre de se familiariser au labeur colonial et d'amasser un pécule suffisant pour pouvoir, à terme, bénéficier du régime de la relégation individuelle. La relégation, tout comme la transportation, cherche donc également à favoriser leur installation dans la colonie.

Mais la décision d'envoyer les relégués en Guyane va être lourde de conséquences. À la suite de la première tentative lancée par le Second Empire, l'expérience de la transportation fut stoppée : l'insalubrité de la colonie entraîna un taux de mortalité effroyable et la décision fut prise en 1867 d'envoyer tous les transportés européens en Nouvelle-Calédonie (seuls les coloniaux continuaient de purger leur peine en Guyane). Malgré ce précédent, la III^e République décide d'envoyer les relégués en Guyane. Sur place, ils sont installés sur le territoire pénitentiaire du Maroni. Mais les peines de la transportation et de la relégation étant différentes, les relégués et les transportés ne peuvent pas être réunis sur une même circonscription territoriale. La décision est donc prise de les installer à Saint-Jean, situé à 15 km de Saint-Laurent. Ce camp, ouvert en 1859 pour les besoins de la transportation, accueille à partir de 1865 des transportés libérés. Mais le site est si malsain qu'il est abandonné trois ans plus tard. Le ministre de la Marine et des Colonies fait parvenir en 1885 des instructions pour y édifier à nouveau un village de colons où les relégués devraient disposer d'une concession agricole et y vendre leur production sur une place de marché qui formerait le centre du village. Respectant ces instructions, l'administration pénitentiaire installe les relégués au sein de quatre camps situés à l'intérieur ou aux alentours immédiats de Saint-Jean. Cette configuration répond en effet à l'esprit de la loi sur la relégation, les relégués n'étant pas internés en Guyane pour y être soumis à une peine de travaux forcés comme leurs homologues transportés.

Le premier convoi de relégués débarque à Saint-Jean avec son personnel d'encadrement le 20 juin 1887. Mais rien n'est prêt pour les accueillir : les relégués vont donc devoir bâtir les bâtiments destinés à les abriter. Saint-Jean est édifié dans l'urgence et la plupart des bâtiments, dont les cases des relégués, sont des paillotes qui protègent particulièrement peu des intempéries. Seul le personnel administratif bénéficie de cases en bois à double parois de système Pillet et Schmidt. Mais ces cases se détériorent très vite sous l'action du climat et de l'humidité. Le taux de mortalité est ainsi très important dans les premiers temps d'installation du camp et les relégués s'évadent en nombre plutôt que de subir une mort quasi-certaine. Afin de l'assainir et de le rendre plus salubre, mais afin également de mieux contrôler les relégués, les autorités pénitentiaires décident de reconstruire intégralement Saint-Jean en matériaux durables. D'un village de colons, le camp se transforme rapidement en un pénitencier. Des cases en briques et à armature en fer remplacent peu à peu les paillotes et les cases en bois de système Pillet et Schmidt. Mais ces importants travaux, couplés à ceux d'assainissement tout aussi importants, entraînent une modification de taille du régime de la relégation. Tous les relégués sont réquisitionnés par l'administration pénitentiaire pour les accomplir et très peu bénéficient du régime de la relégation individuelle. Ils sont maintenus au régime de la relégation collective qui devient un régime de travaux forcés à perpétuité. Les relégués subissent ainsi un régime qui s'apparente à celui de leurs homologues transportés internés au pénitencier de Saint-Laurent.

Le pénitencier de Saint-Jean est désaffecté en 1943. Mais loin de rester vide, il accueille à partir de 1949 des réfugiés en provenance d'Europe de l'Est dans le cadre de la politique migratoire menée par le Bureau d'Installation des Personnes Immigrées en Guyane (BIPIG). Puis, à partir de 1961, l'armée s'y installe : le Régiment du service militaire adapté de la Guyane (RSMA-G) et le 9e Régiment d'infanterie de Marine (9e RIMA) occupent toujours les lieux.