Le droit canon
La justice ecclésiastique s’appuie sur le droit canon, c’est-à-dire l’« ensemble des règles régissant l’Église, relatives à son organisation, aux droits et obligations des clercs, à la condition des biens ecclésiastiques, à sa juridiction. Ces règles sont tirées des Écritures saintes, des écrits des premiers Pères de l’Église, des décisions des conciles ou canons, des dispositions des papes dans leurs lettres ou instructions appelées décrétales ».
Le droit canonique est une source fort importante du droit médiéval, car la compétence des tribunaux ecclésiastiques va bien au-delà des matières religieuses proprement dites : elle comporte notamment les questions relatives au droit familial (mariage et testament) et, s’il arrive que les tribunaux laïques traitent de ces sujets, ils appliquent en principe le droit canonique.

L’organisation judiciaire ecclésiastique
L’autorité judiciaire de l’Église est exercée par le pape, les évêques et les abbés ; la juridiction ordinaire est représentée par l’évêque, qui la délègue généralement à l’official.
Les officialités sont présentes aux différents degrés de la juridiction ecclésiastique, avec un système d’appel des cours inférieures ; elles jugent toutes les affaires religieuses, mais aussi les affaires séculières auxquelles des clercs sont mêlés. Les peines prononcées par la justice ecclésiastique sont spécifiques à ces juridictions, et généralement d’ordre spirituel (excommunication, censures, amendes - notamment amende honorable).
Le développement des hérésies et l’ingérence croissante du pouvoir royal poussent les juridictions laïques et ecclésiastiques à coopérer dans certains domaines.

La procédure inquisitoire
Les tribunaux de l’Inquisition, émanation de l’autorité judiciaire du pape, en concurrence avec la juridiction ordinaire de l’évêque, ont été actifs essentiellement jusqu’au XVI^e siècle.
La procédure « inquisitoire » permet de poursuivre le crime d’office sans attendre une plainte – par opposition à la procédure « accusatoire » jusque-là en vigueur – et se traduit par : le secret de l’instruction, le recours systématique à l’écrit, la primauté donnée à l’accusateur, la présomption de culpabilité et le recours à la torture pour faire avouer l’accusé (l’aveu étant la seule preuve de culpabilité).