La reconstruction de l’édifice monarchique, à partir de la fin du Moyen Âge, passe donc par le contrôle progressif par le roi de cette justice accaparée par les particuliers et les communes, par l’unification d’un droit émietté jusqu’alors entre coutumes, orales ou rédigées, et droit canonique.
Toute justice émanant du roi (qui la tient lui-même de Dieu), tout juge (du plus haut au plus bas de la hiérarchie judiciaire royale : parlements, bailliages, justice seigneuriale) est son délégué – le roi pouvant fictivement à tout moment reprendre son pouvoir au nom de la justice dite « retenue » pour l’exercer lui-même directement, ou la confier à la juridiction de son choix.
Rappelons également que les fonctions de justice, de réglementation et d'administration se cumulent alors et sont exercées simultanément par les officiers du roi.

Les juridictions royales ordinaires
Au sommet de cette hiérarchie judiciaire ordinaire, les cours de Parlement, cours souveraines jugent en dernier ressort.
Le degré inférieur est représenté par les tribunaux de bailliage et sénéchaussée, jugeant en première instance au civil comme au criminel les affaires privilégiées, et en appel les affaires transférées par les juges inférieurs (royaux et seigneuriaux).
Au tout premier degré, à côté et au-dessus des juges seigneuriaux, figurent les juges ordinaires du roi (prévôts et châtelains, vicomtes, bailes, viguiers...) ayant les mêmes compétences que les juges féodaux au civil et au criminel, mais pouvant recevoir les appels des jugements formés par les juges seigneuriaux.
En 1552 sont créés les sièges « présidiaux », comme degré intermédiaire entre bailliages et parlements, afin de limiter les appels, mais sans grand succès.

Les juridictions royales spécialisées
À côté de ces tribunaux ordinaires à l’organisation déjà compliquée, fonctionnent d’autres juridictions « d’attribution » ou spécialisées, dotées elles aussi d’une hiérarchie très complexe.
Les plus importantes se rattachent au roi et à son Conseil, avec une compétence générale fixée davantage par les usages que par les textes – émanation la plus directe de la justice royale : le Conseil des parties (section judiciaire du Conseil du roi jugeant en appel des parlements, voire à leur place), le Grand Conseil, les maîtres des requêtes de l’Hotel (pour les privilégiés dotés de lettres de committimus).
La Chambre du Trésor gère en appel les affaires domaniales.
La Cour des aides reçoit en appel toutes les affaires d’imposition jugées en première instance par des juges spéciaux (élus, grenetiers, contrôleurs).
La Cour des Monnaies juge les affaires monétaires.