Lorsque le navire Ville de Saint-Nazaire stationne en rade de l’île Royale, Dreyfus n’est pas débarqué en même temps que les autres condamnés par la noria de canotiers. Le directeur de l’administration pénitentiaire et le commandant du pénitencier n’ont pas eu le temps de mettre en place les infrastructures indispensables à leurs yeux pour assurer l’accueil du déporté.

Un câblogramme daté du 10 février (mais reçu le 16 en Guyane) prévient le gouverneur, M. Charvein, du changement de statut des îles du Salut et de l’arrivée imminente de Dreyfus : « Loi déclare Iles du Salut lieux de déportation dans enceinte fortifiée. Déporté Dreyfus sera dirigé sur Guyane par Ville de St Nazaire, vingt-deux février. Préparez installation île St Joseph ou îlot du Diable. Situation du condamné, tentatives corruption et autres qui seront sûrement faites, choisir surveillants absolument sûrs. Instructions suivent. », suivi d’un laconique : « Je ne puis vous indiquer en détail les mesures qu’il convient de prendre en la circonstance, dans l’ignorance où je suis du lieu que vous aurez choisi ». Le gouverneur et le directeur de l’administration pénitentiaire, M. Guégan, tranchent en faveur de l’île du Diable, pour laquelle des instructions de travaux à effectuer sont données dès le 17 février.

À cette époque, l’île du Diable n’est plus un lieu d’internement au sens strict. Certes, elle a accueilli dans les années 1850 quelques prisonniers politiques et des constructions y tiennent toujours debout. Mais elle ne sert plus que de lieu d’isolement pour les bagnards lépreux, livrés à eux-mêmes. Il a donc fallu de toute urgence transférer ces derniers, brûler leurs cases, remettre en état la « case » qui devra accueillir le déporté et aménager l’île de manière générale.

Au départ du navire, il est transféré provisoirement dans une chambre à l’extrémité est du quartier disciplinaire, édifié entre 1892 et 1895 pour interner les transportés ayant transgressé le règlement, « celle de gauche, située à l’entrée et sous la voûte du bâtiment en construction sur le plateau ». Le débarquement de Dreyfus, le 15 mars, fait l’objet d’une description d’une redoutable précision par le directeur de l’administration pénitentiaire qui assiste au transfert avec le capitaine du navire et le commissaire du gouvernement (le Dr Rançon). Le trajet entre le ponton et la chambre a lieu à 15 heures (en plein soleil donc), dans le silence, sans autres témoins que les cinquante-deux surveillants sollicités et postés tous les quarante mètres. L’île Royale est donc mise sous clés. Bagnards, familles et autres civils ne peuvent pas sortir et le directeur impose une chape de silence que seul devait percer le bruit des vagues et des animaux. Il est vraisemblable que cette description avait aussi pour objectif de démontrer l’efficacité et le zèle du personnel de l’administration pénitentiaire. On sait que les estimations portent à cent en moyenne l’effectif du personnel libre des îles du Salut (en comptant les femmes, les enfants, les religieuses, les médecins, les Jésuites, etc.) et que, si l’on préfère un autre mode de calcul, le ratio surveillants/transportés oscillait entre, au mieux, un pour vingt-cinq et, au pire, un pour cinquante, avec un maximum de mille prisonniers répartis sur les trois îles. Le chiffre avancé de cinquante-deux surveillants peut soit dénoter un renfort particulier en personnel, soit indiquer une légère exagération dans les propos du fonctionnaire. De même, il atteste précisément que le trajet a pris dix minutes (pourquoi cette précision ? pour montrer que Dreyfus n’a eu « que » dix minutes de pseudo-liberté ?) et paradoxalement, il décrit Dreyfus comme affaibli et marchant avec difficulté. Même par le chemin le plus court, actuellement, un adulte en pleine possession de sa forme physique mettrait le double de temps… Dreyfus a-t-il alors le temps d’apercevoir son futur lieu d’emprisonnement ? Les points de vue vers l’île du Diable sont multiples lorsque l’on aborde le quartier disciplinaire. Mais a-t-il compris et l’a-t-on même informé que sa destination finale se situait au-delà de ce petit bras de mer ?
Ce transfert est également l’occasion d’un premier contact entre Dreyfus et Guégan qui nous donne l’état d’esprit des deux protagonistes : Dreyfus lui dit qu’il se soumet sans réserve aux règles et qu’il attend avec résignation d’être reconnu innocent. Guégan lui répondant qu’il se chargera de sa garde et de sa sécurité « en prenant envers lui, les précautions les plus sévères et les plus énergiques ».
Dans une lettre qu’il écrit à sa femme le 28 mars, Dreyfus décrit son internement dans cette chambre-cellule meublée seulement d’un châlit, un matelas, une cruche, une chaise, une table et un seau pour ses besoins. On le sent ébranlé par cet isolement total vis-à-vis du monde extérieur. Il en dira plus tard : « Je suis resté ainsi pendant un mois enfermé dans ma chambre, sans sortir, après toutes les fatigues physiques de mon horrible traversée. À plusieurs reprises je faillis devenir fou ; j’eus plusieurs congestions du cerveau, et mon horreur de la vie était telle, que j’eus la pensée de ne pas me faire soigner et d’en finir ainsi avec ce martyre… le souvenir de ma femme, mon devoir vis-à-vis de mes enfants, m’ont donné la force de me ressaisir ; je n’ai pas voulu démentir ses efforts, l’abandonner ainsi dans sa mission, la recherche de la vérité, du coupable. Aussi fis-je appeler le médecin… ».

Le directeur de l’administration pénitentiaire surveille personnellement les travaux et s’inquiète des retards pris par les différents chantiers. Il est sur place lorsque Dreyfus arrive : « Descendu à terre, un simple coup d’œil m’a permis de constater qu’il fallait encore plusieurs jours avant de pouvoir installer la déportation. La case projetée pour les surveillants militaires devait être élevée trop loin (40 m. environ) de celle qui sera occupée par Dreyfus. J’ai fait enlever la paillote qui servait de chèvrerie, et j’ai décidé que la case des agents serait édifiée sur cet emplacement à dix mètres. Je suis allé jusqu’au campement des lépreux que j’avais fait diriger sur le Maroni ; j’ai donné l’ordre de démolir les carbets occupés par ces malheureux ; on en a porté les débris sur la côte et j’y ai fait mettre le feu. »