Sentant peut-être venir la fin de l’Affaire et craignant une analyse trop pointue de certaines décisions, le ministre des Colonies demande au gouverneur de Guyane d'envoyer à Paris l’intégralité des documents concernant Dreyfus (ses commandes, ses brouillons, les enveloppes, les cahiers, les rapports des surveillants, etc.). Une caisse scellée et cachetée part de Guyane et sera suivie par des envois mensuels (les derniers dossiers et archives le concernant repartent sous clé en métropole en 1904).
Lorsque Dreyfus retrouve la possibilité d’écrire, on perçoit par le contenu plus apaisé de sa prose, qu’il est dans l'attente. Malgré le secret qui l’entoure, il comprend que quelque chose de favorable est en train de se dérouler. Le 24 septembre 1898, dans la dernière lettre connue qu’il rédige depuis la Guyane, il commence néanmoins à trouver l'attente longue. Parallèlement, la presse métropolitaine est en recherche d’informations fraîches et deux reportages paraîtront en octobre 1898 à la suite du voyage du journaliste Jean Hess (qui écrit une série d’articles pour Le Matin) et du photographie M. Abéniacar (qui publiera dans l’Illustration). Ils pointeront les conditions toujours drastiques de détention de Dreyfus, à l’inverse de ce prétendait le ministre des Colonies.
Le 16 novembre 1898, Dreyfus apprend que son dossier repasse en Cassation et, le 28 novembre, il retrouve le droit de circuler sur l’île : cela faisait deux ans qu’il n’avait pas vu la mer (sauf lors de son transfert entre les deux cases).
Câblogramme de l’Administration Pénitentiaire donnant l’ordre d’informer Dreyfus que la Cour de Cassation a annulé le jugement de 1894.

Le 5 juin 1899, on vient annoncer à Dreyfus l’arrêt de la cour de Cassation. La machine infernale ne l’a pas broyé, la guillotine sèche n’aura pas eu prise sur lui ou en tout cas pas jusqu’au bout. Il ne s’est pas « laissé pourrir » comme diront d’autres bagnards. Il peut reprendre l’uniforme. Le personnel de l’administration pénitentiaire doit évacuer l’île et être remplacé par des gendarmes. Enfin, c’est bien le capitaine Dreyfus qui repart à bord du croiseur Sfax le 9 juin 1899, la tête haute, à la reconquête de son honneur perdu. Les rares images de son trajet de retour le montrent, toujours solitaire, toujours droit, saluant les militaires du bord. Sur cette photo, il embarque à bord du croiseur Sfax qui va le ramener jusqu’à la presqu’île de Quiberon où il attendra le procès de Rennes. À l’arrière-plan sur le cliché de gauche, les îles du Salut où il aura passé plus de quatre ans de sa vie.