Le 13 ou le 14 avril (selon les sources), Dreyfus est enfin transféré « au Diable ». Son univers se limitera donc pour les prochaines années à un environnement aride et dépeuplé. Il ne faut pas se fier aux photographies actuelles qui présentent une île verdoyante et presque « accueillante », ombragée et calme. L’administration pénitentiaire se chargeait aux îles du Salut de réduire au maximum l’emprise de la végétation, éliminant ainsi toutes les cachettes potentielles et les matériaux indispensables à la construction d’embarcations pour les évasions.

On distingue sur ce plan, au sud de l’île, les bâtiments mis en place pour accueillir Dreyfus et vers le centre de l’île, une limite qui la barre dans sa largeur.
Contractant encore plus l’espace autour de Dreyfus, des poteaux indicateurs matérialisent une limite à environ un tiers de la longueur de l’île. Le déporté sera donc cantonné à l’extrême sud de l’île qu’il lui est interdit de quitter sous peine de se voir enfermer dans sa case.

La cellule est constituée d’une case en pierre de 4 mètres sur 4 mètres, dont la fenêtre et la porte sont munies de barreaux en fer. La porte ouvre sur un tambour de 2 mètres sur 3 mètres. accolé à la façade principale et fermé par une porte pleine en bois pour permettre à un surveillant de s’y poster. Dreyfus y est enfermé toute la nuit avec une lumière maintenue constamment à l’intérieur. À la différence des autres bagnards qui ne font l’objet d’aucune surveillance particulière une fois leurs cases fermées, Dreyfus est donc perpétuellement scruté, surveillé, toujours épié mais paradoxalement toujours solitaire puisqu’il lui est interdit de communiquer avec ses gardiens.

« Un silence profond règne autour de moi, interrompu seulement par le mugissement de la mer. » (8 mai 1895 – Carnets d’Alfred Dreyfus)

L’ordinaire du déporté est réglé par les envois de sa famille. Celle-ci a mis en place rapidement tout ce qui était en son pouvoir pour améliorer la vie quotidienne du déporté. Elle disposait d'un représentant à Cayenne, un correspondant officiel accepté par l'administration pénitentiaire, M. Paul Dufourg, boulanger, briquetier et négociant (qui disposait de deux lettres de pouvoirs, une de la femme et une du frère de Dreyfus). Celui-ci va rencontrer MM. Charvein et Guégan, qui lui précisent à cette occasion que Dreyfus sera traité comme les autres mais qu'à la première alerte d'évasion, il sera abattu. Lorsqu’il apprend que Dreyfus est malade, il paye un rapport médical et réussit à faire adoucir son régime. Cet engagement va nuire à la réussite commerciale de M. Dufourg qui, passant pour un traître, perdra sa clientèle et une partie de ses commerces.
Même si certains documents affirment qu’au départ il reçoit des vivres des cuisines de l’île Royale et qu’il y envoie son linge à laver, Dreyfus écrit dans ses carnets qu’il doit tout faire seul, autant sa cuisine (avec un nécessaire qu’il ne perçoit qu’en juin 1895) que sa lessive. Chaque mois, Lucie Dreyfus adresse à son époux un mandat de cinq cent francs dont il peut faire usage pour effectuer des commandes auprès de plusieurs commerces de Cayenne, notamment la Maison St Ange, qui se trouvera donc placée sous surveillance rigoureuse. Mais aussi la maison Félix Potin ou la maison de MM. Bally père et fils. L’administration pénitentiaire essaye de noyer au départ ces commandes dans ses propres comptes pour éviter que les commerçants sachent qui ils servaient. Mais nous disposons encore de plusieurs listes composées par Dreyfus. Ces listes étaient visées et annotées par le commandant des îles du Salut. Puis transmises au directeur de l'administration pénitentiaire qui les passait lui-même à un commis chargé de les recopier. Leurs contenus, assez répétitifs, témoignent des goûts de Dreyfus, mais aussi de sa lutte et de ses choix judicieux pour rester en bonne santé. On y trouve souvent de l’eau de Cologne, des graines, du chocolat, des pâtes, du tabac et beaucoup de conserves de viandes et de légumes (l’administration pénitentiaire lui fournit directement le pain et le lait). Dans ses écrits, il dit souffrir d’apathie et de maux de ventre sans doute dus à ses ustensiles rouillés. La nourriture qu’il reçoit est fréquemment avariée (comme celle des autres pensionnaires de l’administration pénitentiaire d’ailleurs) ou bien il n’a pas le matériel pour la préparer convenablement. Les médecins le trouveront au demeurant souvent sous-alimenté et fiévreux.
Une des caractéristiques majeures qui fait des déportés une catégorie à part, outre le fait qu’ils ne soient pas contraints de porter l’uniforme rayé des bagnards, c’est qu’ils ne sont pas astreints au travail. Les transportés (mais également les relégués dits « collectifs », c’est-à-dire la majorité d’entre eux) sont soumis à une organisation journalière très rythmée par le départ des « corvées » et chaque bagnard se voit attribuer une tâche en fonction de ses aptitudes (et bien souvent de ses accointances avec le comptable du camp). Rien aux îles du Salut, comme dans les autres camps, ne peut fonctionner sans la main-d’œuvre des bagnards : ils construisent tous les bâtiments et les entretiennent, ils manœuvrent les canots, ils sont boulangers, bouchers, infirmiers (après le départ des hôpitaux des sœurs de Saint Paul de Chartres en 1905), garçons de famille, vidangeurs, etc. Dreyfus, lui, doit être tout à la fois. Mais tout seul. Seules les tâches de construction et d’entretien des bâtiments sont effectuées par des transportés, entraînant dans ces cas-là l’enfermement de Dreyfus tout au long des travaux et de la présence de ces autres détenus sur l’île.
Sans cette astreinte au travail forcé, Dreyfus est finalement plongé dans une oisiveté et parfois une léthargie qu’il combat de son mieux. Il occupe ses journées à lire et à écrire chaque fois qu’il le peut. Il reçoit beaucoup de livres et des publications diverses (Revue des Deux Mondes, Revue de Paris, Revue Rose). Il tient un journal, du 14 avril 1895 à septembre 1896, il se remet à l’anglais et traduit des ouvrages (notamment Othello), fait des études d’architecture, des calculs et des dessins… et il doit sans doute penser beaucoup en fumant sa pipe et en maudissant cette « triste île », ces moustiques, ces fourmis et ces « araignées crabes ».
Le 21 juin 1895, il écrit : « je vis comme une mécanique inconsciente de son mouvement », tandis que six mois plus tard, le 3 janvier 1896, il décrit le « silence sépulcral, ce climat énervant, l'absence souvent de nouvelles, sans rien à faire, parfois sans rien à lire ». Il est fort probable aussi qu’il passe du temps à observer les deux autres îles de l’archipel et les allées et venues des autres bagnards sur l’île Royale dont il n’est séparé que de 200 mètres environ à marée basse. Depuis le sud de l’île du Diable, on voit également très bien l’île Saint-Joseph dans sa longueur et Dreyfus a pu assister aux prémices de la construction des terribles locaux de la réclusion cellulaire, qui vaudra à l’île son surnom d’« île du silence ». Il ne se doute pas que l’arme la plus terrible qui use son moral et qui selon ses dires même, grignote son humanité, sera réutilisée, dupliquée, amplifiée à tout un pénitencier de réclusionnaires, astreints au régime cellulaire, maintenus dans un silence absolu et condamnés à la folie ou à mourir de faim et d’épuisement.

Les mesures extrêmes d’isolement appliquées à Dreyfus vont surprendre même parmi le personnel de l’administration pénitentiaire et provoquer des remous dans l’opinion publique guyanaise. On se rend compte que l’arrivée de Dreyfus a eu un impact important sur l’organisation interne des îles du Salut. Toute la paranoïa métropolitaine (entretenue par le ministère des Colonies) autour de ses velléités d’évasions et des psychoses de corruption transpire jusqu’en Guyane.
L’administration pénitentiaire va faire son possible pour entourer ce prisonnier d’exception des mesures qu’elle juge nécessaires et qui seront pour beaucoup laissées à l’appréciation des différents directeurs de l’administration pénitentiaire et commandants des îles (quatre se succèderont à ces deux postes sur les quatre années de captivité de Dreyfus) et à leurs réactions face au contexte politique, social (et médiatique).

Pour éviter tout échange d’informations, toute « fuite », et provoquer l’oubli le plus complet du condamné, l’administration pénitentiaire va choisir drastiquement les surveillants affectés aux îles du Salut et à l’île du Diable. Elle commence par transférer tous les surveillants de confession juive hors des îles du Salut, puis elle obtient la mise en place d’une indemnité spéciale pour les affectations sur l’île du Diable (équivalent à un tiers de salaire supplémentaire). En contrepartie, ces fonctionnaires font l’objet d’enquêtes et d’une surveillance poussée. Ils ont interdiction d'évoquer la vie sur l'île dans leur correspondance (qui est surveillée) et ils ne peuvent d’ailleurs rester plus d’un trimestre à ce poste pour éviter sans doute la création de liens avec le prisonnier.

Comme partout ailleurs dans les camps de l’administration pénitentiaire, les surveillants peuvent faire preuve d’humanité ou au contraire … d’inhumanité. Certains décrivirent Dreyfus comme un « habile comédien » et le haïrent au plus haut point tandis qu’en 1896, un autre fut sanctionné pour avoir parlé au prisonnier. Pour rendre compte de la manière la plus détaillée possible du comportement de Dreyfus, ses surveillants devaient noter, toutes les deux heures, ses faits et gestes dans un rapport. Le surveillant-chef devait quant à lui tenir un journal de bord sur deux livres dont il assurait un envoi régulier à Cayenne et auquel s’ajoutait un rapport mensuel. Le commandant des îles du Salut était tenu d’aviser sans tarder le directeur de l’administration pénitentiaire de tous les faits touchant le condamné, même ceux qui pouvaient lui paraître insignifiants (ces mesures peuvent avoir varié au cours des quatre années de captivité). Cette surveillance de tous les instants était rendue possible par l’existence d’un sémaphore, construit sur l’île Royale dès les premiers temps du bagne, qui transmettait des rapports à un autre dispositif situé à Kourou. Pour encore plus de facilité, le téléphone fut mis en place en 1896 entre Diable et Royale mais aussi entre le surveillant du « tambour » et la chambre du surveillant-chef.

Le 30 avril 1895, un nouveau naufrage en souligna encore l’impérieuse nécessité. La chaloupe faisant le service entre l’île Royale et l’île du Diable chavire et se brise sur les rochers du goulet de l’île du Diable. Le surveillant de deuxième classe Vigot, patron de la chaloupe et le transporté Coeuret, matricule 25877, y laissent la vie, malgré les efforts déployés pour éviter leur noyade. Leurs corps ne seront jamais retrouvés et c’est un procès-verbal de l’accident qui leur tient lieu d’acte de décès dans le registre d’état civil (en date du 28 mai).

Le PV dressé le jour du naufrage qui a coûté la vie au surveillant Vigot (30 avril) est retranscrit avec valeur d’acte de décès suivant le jugement du tribunal de première instance, également retranscrit.

Vue de la passe entre l’île Royale et l’île du Diable au début du XX^e siècle. Au premier plan sur l’île Royale, côté de la boucherie, on distingue le transbordeur (structure métallique) et le filin reliant les deux îles.

Dorénavant, la plupart des ravitaillements, transmissions de courrier et même échanges de personnels se feront à l’aide d’un transbordeur construit cette même année. Une nacelle mue par un système de câble à enrouleur permettait de relier les deux îles par tous les temps, entre l’anse Legoff et la pointe sud de l’île du Diable.